pythonのインストール

バイオインフォマティクスを本格的にやるためにはpythonは必須です。Ubuntuにはもともとpythonがインストールされていますが、システムの方で使用していることと、少し古い物が入っていますので、そのままにしておきます。その代わり、最新のpytonをインストールして使用します。

一つ注意点を上げるとすれば、古いpythonで作ったプログラムがそのまま使用できなかったりするので、そういった場合はpython2などの古いものをインストールする必要があるかもです。

Pythonのインストール (version 3.10.0)

インストール前の準備

pythonに限らずaptコマンド(Google PlayストアやAppストア的なもの)を使用してなにかソフトウェアをインストールするときは必ずupdateとupgradをするのがお約束だそうです。以下その方法です。

ctrl + alt + t を押してターミナルを起動します。パッケージのリストを更新、確認するため”sudo apt update”と入力し、エンターキーを押してください。パスワードが求められますので、入力して再度エンターキーを押してください。パッケージはすべて最新です。となればOKです。もし、アップグレードできるパッケージがあります。との表示が出たら”sudo apt upgrade”を入力して実行してください。途中で続行しますか？と質問が来た場合はエンターキーを押せばYesと同じことになります。nで中断です。基本的にYで大丈夫なはずです。

bio@bio:~$sudo apt update
ヒット:1 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu focal InRelease
ヒット:2 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu focal InRelease                  
取得:3 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-updates InRelease [114 kB]    
ヒット:4 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja-non-free focal InRelease      
取得:5 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu focal-backports InRelease [101 kB]  
ヒット:6 http://security.ubuntu.com/ubuntu focal-security InRelease            
214 kB を 1秒 で取得しました (211 kB/s)
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています       
状態情報を読み取っています... 完了
パッケージはすべて最新です。

必要なツールのインストール

ここではpython japanのUbuntu環境のPythonの通りインストールしていきます。

公式サイト通り↓のコマンドをターミナルにコピペ（ターミナル上にペーストするにはctrl + shift + v）します。

sudo apt install build-essential libbz2-dev libdb-dev \
libreadline-dev libffi-dev libgdbm-dev liblzma-dev \
libncursesw5-dev libsqlite3-dev libssl-dev \
zlib1g-dev uuid-dev tk-dev

↓のような感じになると思います。エンターキーを押して実行してください。

bio@bio:~$sudo apt install build-essential libbz2-dev libdb-dev \
>   libreadline-dev libffi-dev libgdbm-dev liblzma-dev \
>   libncursesw5-dev libsqlite3-dev libssl-dev \
>   zlib1g-dev uuid-dev tk-dev

これまた途中で続行しますか？と質問が来た場合はエンターキーでOKです。

1〜2分ほどで、終了してコマンド入力の状態に戻ります。

ちなみに”\”（バックスラッシュ）は一行だと長いときに改行するために使用します。自分でコマンドを打つときは使わないことが多いですが、web上で紹介されている長いコマンドにはたまに入って居ますので、長くて見にくいから入れているんだな。くらいに思っていてください。一行で書くなら↓のようになります。

sudo apt install build-essential libbz2-dev libdb-dev libreadline-dev libffi-dev libgdbm-dev liblzma-dev libncursesw5-dev libsqlite3-dev libssl-dev zlib1g-dev uuid-dev tk-dev

pythonのダウンロードとインストール

python japanのダウンロードリンクからPython-3.10.0.tar.xzをダウンロードしましょう。

ファイルを保存するを選択してOK

デフォルトではDownloadに置かれるはずですので、”cd”コマンドで移動し、”ls”コマンドでPython-3.10.0.tar.xzがあるか確認しておきましょう。

bio@bio:~$cd /home/bio/Downloads/
bio@bio:~/Downloads$ls
Python-3.10.0.tar.xz

確認できたら"tar xJf Python-3.10.0.tar.xz"で解凍します。エラーが出るときはちゃんとバージョンがあっているか確認してください。それか、tabの補完機能を使用してくださいね。解凍できるとディレクトリが増えます。

bio@bio:~/Downloads$tar xJf Python-3.10.0.tar.xz 
bio@bio:~/Downloads$ls
Python-3.10.0  Python-3.10.0.tar.xz

解凍したディレクトリ (Python-3.10.0) に移動し”./configure”で実行して処理が終わるまで1分ほど待ったあとメイクできるようになるので”make”、”sudo make install”を実行します。

bio@bio:~/Downloads$cd Python-3.10.0/
bio@bio:~/Downloads/Python-3.10.0$./configure 
#1分ほど待つ
bio@bio:~/Downloads/Python-3.10.0$make
#1分ほど待つ
bio@bio:~/Downloads/Python-3.10.0$sudo make install
#1分ほど待つ

デフォルトでは/usr/local/bin/にインストールされるので、”ls”でインストールされているか確認しましょう。

bio@bio:~/Downloads/Python-3.10.0$ls /usr/local/bin/
2to3       idle3     pip3     pydoc3     python3         python3.10
2to3-3.10  idle3.10  pip3.10  pydoc3.10  python3-config  python3.10-config

python3.10（自分がインストールしたかったバージョン）があれば成功です。せっかくなのでhello worldをやって置きましょう。”python3.10″と入力しエンターキーでpythonを起動できます。その後、print(“hello world”)を実行すると、hello worldの文字を出力できます。これも立派なプログラムですね。ctrl + d で戻れます。

bio@bio:~/Downloads/Python-3.10.0$python3.10
Python 3.10.0 (default, Nov 15 2021, 00:46:20) [GCC 9.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> print("hello world")
hello world
>>> # ctrl + d を打つ
bio@bio:~/Downloads/Python-3.10.0$

以上でpythonのインストールとテストは終了です。お疲れ様でした。