バイオインフォマティクスにおけるAIモデル比較
久しぶりの投稿になってしまいました。 目新しいことでもないのですし、今更なのですが、Chatgptを始めとする言語モデル系AIの性能が上がってきて、ブログをやり始めた2...塩基のカウント（ROSALINDのCounting DNA Nucleotides）
はじめに ROSALINDの問題（Counting DNA Nucleotides）をやってみました。問題は、1000 bp程度の塩基配列があってA, C, G, Tがそれぞれいくつあるかカウントして提出...Biopythonのインストールと使用方法
インストール Biopythonは塩基配列やタンパクの配列を読み込み簡単に編集できるようにするためのパッケージです（他にも色々できます）。公式ページ（https://biopython...バイオインフォマティクスを学べるROSALINDについて
はじめに 何かバイオインフォマティクスを使って解決すべき課題があればそれに関するワードで検索し、勉強していけばいいのですが、ある程度体系的に学んでおくほうが...細菌の種類数（どのくらいの菌種が認められているか）
細菌の種類数 NCBIのタクソノミーとかリファレンスゲノム（基準となるゲノム）を見ててふと、菌種ってどのくらいいるのだろうと疑問を覚えたので、Webで「菌種 細菌...contig, scaffold, chromosome, completeの違い
はじめに Assembly（アセンブリとかアッセンブリ、アッセンブリーと呼んでる）にはレベルがあってややこしい。バイオインフォマティクスを独学で学んでいる人なら必ず...バイオインフォマティクス技術者認定試験について
バイオインフォマティクス技術者認定試験とは バイオインフォマティシャンの試験としては、日本バイオインフォマティクス学会が主催しているバイオインフォマティクス...バイオインフォマティクスでよく使われる略語、用語集
はじめに バイオインフォマティクスに限らず生物の分野では、他の分野と比べても略語が多いと思います。バイオインフォマティクスを勉強していて意外とつまずくという...NCBIからゲノムデータをダウンロードする(ncbi-genome-download)
はじめに NCBIからゲノム情報をダウンロード（genbank, fastaファイルの取得）するにはWEBからポチポチやるのが一般的だとは思うのですが、ダウンロード数が100個とか...Jupyter notebook（lab） のインストールと動作確認まで
はじめに jupyter notebookをインストールと起動確認を行います ＊注 2022年現在はJupyter notebookの後継であるJupyterLabがおすすめみたいです。 Jupyter notebook ...
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