はじめに
何かバイオインフォマティクスを使って解決すべき課題があればそれに関するワードで検索し、勉強していけばいいのですが、ある程度体系的に学んでおくほうが理解が深まると思います。そんな時によくおすすめされているのが、バイオインフォマティクス技術者認定試験とROSALINDです。認定試験のほうは正直あまり実用性が無いので、今回は、より実際に使われる技術が学べるROSALINDの登録から最初の問題を解くまでの流れを解説したいと思います。
登録
ROSALINDのトップページ(https://rosalind.info/problems/locations/)の右上にあるRegisterからユーザー登録できます。googleやfacebookなどのOpenIDも使用できそうです。
ユーザー名やアドレス、パスワードを入力したら一般的な登録手続きと同じようにメールが来ますので、リンクをクリックして登録を完了させます。
(私は迷惑メールとして分類されてしまいましたので、メールが届かない人は要確認です)
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_register_1-1024x521.png)
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_register_2-1024x521.png)
Python Village
登録が終わればログインできるので、右上のLog inからログインしましょう。
ログインできればLog inの場所がユーザー名に変わります。
無事にログインができたらまずは左上にあるPython Villageをやってみます。
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_register_3-1024x521.png)
ひとまずROSALINDの仕組みになれるため、一番上にあるInstalling Pythonから始めてみます。
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_village_1-1024x521.png)
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_village_3-1024x521.png)
Why Python?の横にあるclick to collapseから展開すると、まずはpythonをインストールしてくださいと出てきます。まだ入れていない方は下記の記事を参考にインストールしてみてください。
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2021/11/20211115_python_install-300x169.png)
また、2012年の記事なのでpython2を推奨してますが、今(2022年)ならでは流石にpython3でいいと思います。IDLEも同様にLinuxはデフォルトで入っていないことになっていますが、python3を入れた段階でidle3が入るっぽいです。多分最近のubuntuならデフォルトでpython3が入っているので何もしなくてもidle3が使えると思います。システムのpythonを分けるほうがいいらしいので、新しいバージョンになれるためにもインストールした記憶がない方はこれを機会にpythonを入れてみてください。
idle3でIDLEを起動できます。
bio@bio:$idle3
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_installing_python_1.png)
説明通りに1 + 1をやってみたり、File→New Fileでプログラムを書いて(print “Hello, World!”)、保存と実行をして見てください。
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_installing_python_2-902x1024.png)
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_installing_python_3.png)
一応ここからが問題で、import thisを実行したら何が起きますかとなっています。
Download datasetを押すと今回は問題文が入力されたテキストファイルがダウンロードできます。またこのダウンロードしたタイミングから5分以内に回答する必要があるみたいです。以下の画像のように回答してcorrectされればOKです。
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_installing_python_4.png)
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_installing_python_5.png)
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_python_installing_python_6.png)
おまけ
Solved Byから何番目に解いたか、その人の国やXPがわかります。
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_problems_1.png)
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_Installing_Python_1.png)
また右上にある自分の名前(ID)をクリックすると今までに解いた問題や自分のレベルが分かるようになっています。やっぱり、いくら好きでバイオインフォマティクスを学んでいてもモチベーションの維持ができないときもあると思うので、目標を作れたり、達成感が出るようになっているのはいいですよね。
![](https://diy-bioinformatics.com/wp-content/uploads/2022/10/20221006_Screenshot_ROSALIND_diy_bioinformatics_1-1024x449.png)
ROSALIND自体は最近活動が止まっている?かもしれませんが、ストックされている問題を時間を見つけてはやってみようかなと思ってます。もうバイオインフォマティクス使って実験している人も、なにから始めればいいかわからない人もROSALINDを、腕試し感覚で試してみてはどうでしょうか。
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